Существует очень простое решение этой проблемы: сделайте рабочую папку приложения "%sourcesdk%\bin\orangebox\" (или \ep1). Возможно, вам придется указывать полный путь к SDK папке несколько раз.

* В ярлыке, измените поле "Рабочая Папка".
* Через командную строку, используйте команду cd.
* В Batch Compiler установите переменную BinRoot.

Не все инструменты требуют этого. Большинство command-line программ работают отлично с любой рабочей папкой.